Prototypeklassen ved Shell Eco-Marathon er en klasse for hyperoptimerede biler, der er designet til at presse bilernes forbrug til det absolut yderste. Der er meget få designregler og krav til bilernes design og udformning, og ligesom Urban Concept bilerne, kan prototypebilerne vælge mellem 6 forskellige typer brændstof, hhv. almindelig benzin og diesel, bioethanol, Compressed Natural Gas (CNG), brint, og elektrisk fremdrift.
Prototypebilerne er som oftest godt og vel dråbeformede biler med tre hjul, der enten er næsten klistret til jorden, eller har en frihøjde på op til 20cm. Bilerne i prototypeklassen kan bedst beskrives som kun bestående af deres 3 hjul, deres drivlinje og deres fører, indhyllet i en minimalistisk yderskal, der kun lige akkurat omslutter det hele. Modsat Urban Concept bilerne skal prototyperne ikke have et obligatorisk stop pr. omgang, men må gerne køre alle 8 omgange i et stræk inden for den givne tidsgrænse.